La Ponencia de Alertas y Planes de Preparación y Respuesta, dependiente de la Comisión de Salud Pública del Consejo Interterritorial, ha aprobado un protocolo de Integración de la Secuenciación Genómica en la Vigilancia del SARS-CoV-2. El documento ofrece una guía para trabajar en la determinación de la incidencia de las variantes genéticas del virus. Así como en la identificación de nuevas variantes, que son claves para el control de la pandemia.
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Ciencia
La aparición de variantes genéticas es algo normal en un virus. La mayoría no proporcionan una ventaja selectiva ni suponen cambios que alteren su comportamiento o patrón de infección. Pueden darse casos en los que algunas variantes aumenten su transmisibilidad o virulencia. También que permitan al virus escapar a la acción de los anticuerpos neutralizantes generados tras una infección natural o la administración de una vacuna. Por ello, añadir la secuenciación genómica a la vigilancia del virus es importante para el control de la pandemia.
El protocolo aprobado señala que se debe establecer una red de laboratorios que desarrolle las capacidades de secuenciación. Esta red estará coordinada por el Ministerio de Sanidad en colaboración con el Centro Nacional de Microbiología del ISCIII. Actuará como nodo central en lo referente a aspectos científico-técnicos relacionados con la secuenciación y la armonización de procedimientos.
El documento determina un procedimiento para la identificación y seguimiento de las variantes circulantes en España. También ofrece una metodología para que la información se integre en el Sistema de Vigilancia Epidemiológica en España (SiViEs), que gestiona el Centro Nacional de Epidemiología del ISCIII junto con el Ministerio de Sanidad y las comunidades autónomas como parte de la Red Nacional de Vigilancia Epidemiológica (RENAVE). Además, se incluye una guía para la toma, envío y manejo de muestras.
Guía y manejo de muestras
El procedimiento de la toma de muestra será el habitual para las muestras respiratorias.
- Se analizarán exudados nasofaríngeo (u otras muestras respiratorias cuando proceda) para realización de PCR y secuenciación.
- Para el transporte, si es posible se recomienda utilizar un medio de transporte de virus SIN sustancias inactivantes. El envío de las muestras se hará siguiendo las instrucciones descritas en el anexo 1 del documento Toma y transporte de muestras para diagnóstico por PCR de SARS-CoV-2.
- La secuenciación se realizará en los laboratorios designados en cada Comunidad autónoma o en su defecto, las muestras se enviarán al Centro Nacional de Microbiología, por los métodos habituales, utilizando el código GIPI Programa de Vigilancia SARS-CoV-2. En cualquier caso, la muestra secuenciada llevará asociado el identificador del caso de SiViEs.
El ECDC y la OMS han elaborado documentos técnicos que pueden servir de guía para la secuenciación (15,16).El número orientativo de muestras a secuenciar por cada comunidad autónoma será proporcional número de casos semanales estimados según la incidencia acumulada.
Recomendaciones
El documento se ha redactado en consonancia con las recomendaciones europeas e internacionales. Al respecto, el Centro Europeo para la Detección y el Control de Enfermedades (ECDC) ha propuesto varias medidas de salud pública para contener la transmisión comunitaria de variantes de interés. Estas medidas, reflejadas en el protocolo, incluyen:
- Detección precoz de la circulación de las variantes mediante secuenciación genómica en grupos diana.
- La determinación de la incidencia de casos de dichas variantes en la población.
- El seguimiento de casos y contactos intensificado en personas con vínculos epidemiológicos.
- Posibles restricciones de movimiento a estas zonas.
El protocolo estará en permanente revisión en función de la evolución de la pandemia y de la información nueva que se disponga de la infección por SARS-CoV-2.
